处理预包装标志的主要步骤如下：

自查与整改

企业首先应对预包装标志进行自查，确保所有标签信息符合《中华人民共和国产品质量法》、《食品安全法》以及《查处食品标签违法行为规定》等相关法律法规的要求。

对于发现的问题，企业应立即采取措施进行整改，确保所有标签信息合规。

责令改正

相关部门在检查过程中发现预包装标志不合规的，将责令企业限期改正，并可根据情况进行通报批评。

企业应在规定时间内完成整改，并提交相关证明材料。

行政处罚

对于未按期改正或整改不到位的企业，相关部门将依法进行处罚：

情节严重的，责令停止生产、销售，并处违法生产、销售产品货值金额百分之三十以下的罚款。

有违法所得的，并处没收违法所得。

货值金额不足一万元的，并处五千元以上五万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额五倍以上十倍以下罚款。

情节严重的，还可能责令停产停业，直至吊销许可证。

法律依据

《中华人民共和国产品质量法》第五十四条：产品标识不符合本法第二十七条规定的，责令改正；有包装的产品标识不符合本法第二十七条第（四）项、第（五）项规定，情节严重的，责令停止生产、销售，并处违法生产、销售产品货值金额百分之三十以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得。

《食品安全法》第一百二十五条：违反本法规定，有下列情形之一的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五千元以上五万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额五倍以上十倍以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至吊销许可证：（二）生产经营无标签的预包装食品、食品添加剂或者标签、说明书不符合本法规定的食品、食品添加剂。

记录与保存

企业应建立健全标签管理记录制度，记录标签的设计、制作、使用等情况，确保可追溯性。

相关记录和证明材料应至少保存两年，以备监管部门查验。

通过以上步骤，企业可以有效处理预包装标志不合规的问题，避免因违反相关法规而受到处罚。