森林包装违规的处理流程如下：
检疫发现违规情况
无标识或标识不符合要求：检验检疫机构将监督货主或其代理人对木质包装实施除害处理或销毁处理。若无有效处理方法，则连同货物一起作退运处理。
截获活的有害生物：无论是否加贴IPPC专用标识，均需对木质包装进行除害或销毁处理。若标识不符合IPPC样式要求，同样需进行除害或销毁处理。
宽限期内处理
已加贴IPPC专用标识：进行抽查检疫，若发现活的有害生物，则对木质包装进行除害或销毁处理。若标识不符合IPPC样式要求，则进行除害或销毁处理。若无有效处理方法，则不采取退运措施。
行政处罚
擅自开拆、调换或改变用途：对于此类行为，莆田市林业局将依据相关法规进行处罚，对公民处以50元以下罚款，对法人或其他组织处以1000元以下罚款。若违法事实确凿且有法定依据，且不构成犯罪，处罚流程包括审查立案、调查取证、告知违法事实和处罚依据、听取陈述申辩、作出处罚决定等步骤。
建议
加强包装标识管理：货主和代理人应确保木质包装符合IPPC专用标识的要求，以规避检疫风险。
及时处理违规情况：一旦发现违规情况，应积极配合检验检疫机构进行处理，以减少经济损失。
了解相关法规：货主和代理人应了解有关森林植物及其产品包装的法律法规，确保合规操作。
