南京的工程门窗厂包括以下几家：

南京尚品门窗工程公司：

位于南京市东郊栖霞区，交通便利，技术力量雄厚，能够根据用户需求进行设计和制造。该厂是南京市“重合同，守信用”企业，享有较高声誉，并提供完善的售后服务。

宁洋塑钢门窗厂：

成立于1993年，主要从事铝合金塑钢门窗工程制作安装、卷门、不锈钢护栏及扶手等业务。该厂拥有大型铝合金塑钢及不锈钢厨房生产设备。

南京高能门窗有限公司：

位于南京市浦口区星甸街道新星路50号，成立于2015年，主要提供门窗加工、安装、销售，以及室内外装修装饰工程设计、施工等服务。公司注册资本50万元人民币，已有10年优质客户服务经验。

阿尔卑斯门窗：

中国一线品牌，知名度高，品控能力强，质量优秀，被公认为行业内的知名品牌。他们主要提供高端系统门窗，采用德国生产设备和五金配件，并拥有多条自动生产线。

旭格门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

墨瑟门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

欧哲门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

巴尔蒂克门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

卫士帕门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

帕斯沃门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

卓图门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

轩尼斯门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

飞宇门窗：

一线品牌，知名度高，被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

希洛门窗：

被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

阿鲁克门窗：

被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

罗兰西尼门窗：

被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

皇派门窗：

被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

贝克洛门窗：

被推荐为南京系统门窗厂家中的优选品牌。

这些门窗厂在南京市有一定的知名度和市场占有率，提供的产品和服务也较为全面。建议根据具体需求和预算，选择合适的厂家进行合作。