南京的净化工程厂商包括以下几家：

南京天盛元净化系统工程有限公司：

该公司提供空气净化系统工程设计、施工、维护，洁净室系统配套设备和洁净室耗品研发、生产、销售以及洁净服清洗、专送服务。它是中国华东地区具规模和技术实力的洁净技术领域的工程总承建商和设备供应商。

南京二净净化工程有限公司：

专业从事100级-30万级无尘室的设计、施工、维护，净化设备生产、销售，GMP认证，净化空调及工业地板等一条龙服务。该公司服务于电子、微电子、光学、光纤光缆、精密机械、精密仪器、生物医药、精细化工、食品饮料、航空航天等诸多行业领域。

南京雄城泛美净化工程设备有限公司：

提供净化空调、通风系统设计、装修工程、办公环境设计、装修工程等服务。公司成立于2004年，位于南京市下关区新河村93号。

南京天惠利净化工程有限公司：

集设计、施工、安装、制作、调试为一体的综合性净化工程公司。公司承建了近百个净化工程，涉及电子、微电子、生物、医疗、制药、食品饮料、航空航天、精密仪器、精细化工等诸多领域。

南京天坤空调净化设备工程有限公司：

提供空气净化、水净化、暖通空调、空调安装、调试、电气系统、污水处理、系统工程安装调试、净化空调设备配件、保温装璜材料、制作销售等服务。公司成立于2003年，位于南京市建邺区江东南路108号。

南京百科净化工程有限公司：

系马来西亚IAQ科技集团在中国境内的投资子公司，成立于2001年，提供从1级到10万级的净化室工程，客户包括跨国企业如摩托罗拉、超微电子和惠普等。

南京新港环保净化系统工程公司：

提供空气净化、水净化、污水处理设备，暖风空调，大屏幕LED显示、监视、监控设计、制造、安装销售，仪器仪表，电子产品，装璜材料，家用电器销售等服务。公司成立于1994年，位于南京新港工业区。

中国电子系统工程第二建设有限公司：

隶属于世界500强——中国电子信息产业集团有限公司，是国内最早从事洁净工程、工业建筑工程的大型央企，提供全周期服务的高科技工业建筑领域EPC服务。

合洁科技电子净化工程公司：

专注于电子工业（半导体、芯片、平板显示、PCB、光电）等制造领域洁净工程的EPC总承包。公司在电子工业领域中建设了超千个标杆洁净总包工程，获得多家世界五百强及上市企业的战略合作。

这些公司各有其专业领域和服务特点，可以根据具体需求和项目规模选择合适的合作伙伴。