支付工程款需要遵循一定的流程和提供相应的手续。以下是详细的步骤和所需文件：

预付款支付流程

施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员，施工单位项目经理签字确认。

预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署预付款《工程款支付申请表》后交给财务部。

财务部再次复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审核审批通过的《工程款支付申请表》交给出纳安排付款。

进度款支付流程

施工单位先向工程部提交进度款《工程款支付申请表》，并附上已完工程的预算书，一式三份（工程部、预算办、财务部各一份），施工单位项目经理签字。

工程部审核当月完成的部位及项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员。

预算专员审核已完成工程量，并审核工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定，审批工程款，然后预算专员签字确认。

预算专员将进度款《工程款支付申请表》上交财务部审核。

财务部审核无误后，将进度款《工程款支付申请表》交由总经理和董事长审批。

施工单位根据审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》中的金额开具当地建安发票，发票需按进度款《工程款支付申请表》中的工程项目分别填开。

施工单位将审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》以及相同金额的建安发票上交到财务部，财务部再次复核《工程款支付申请表》的金额是否与发票金额一致，以及核对发票的各项内容后，交到出纳处办理该款项的转付。

工程完工后的结算流程

施工单位向预算专员提交电子版的结算书，同时提供相应的设计变更、与工程造价相关工作联系单、工程签证单等。

工程部经理核实工程质量和数量并签署《工程款支付申请表》。

现场工程师核实本次请款的实际完成工程数量及工程质量，并签署《工程款支付申请表》。

其他相关文件

申请财政直接支付资金时，须填报“资金拨款申请单”，同时提交中标通知书、施工合同、履约保证金凭据、预算表、拖欠农民工工资保证金凭据、收据和手续完备的签批单等。

申请支付工程进度价款时，应提供手续完备的工程价款支付表、监理计量单、发票、中标通知书、施工合同及工程进展情况证明资料等。

总结：

支付工程款需要施工单位提交《工程款支付申请表》及相应证明文件，经过工程部、预算办、财务部的审核和审批，并提供必要的合同和发票等资料。预付款和进度款的支付流程有所不同，预付款需要项目经理签字和总经理、董事长的最终审批，而进度款则需要工程部经理和预算专员的审核，并最终由财务部完成审核和转付。