工程总包（工程总承包）的缺点主要包括以下几个方面：
质量控制难度大
工程总承包模式对工程质量有较高要求，但控制的难度较大，需要对进度、质量、成本等方面进行综合管理，具备较高的项目管理能力。
管理协调工作量大
总承包模式需要处理复杂的工程问题，对经验和技能要求较高，一旦发生质量问题，对问题的追责和整改责任较为分散，增加了管理的复杂性。
不利于控制工程造价
由于工程总承包模式下的承包方需要承担较大的风险，可能会导致投标报价较高，不利于控制工程造价。
不利于缩短建设周期
总承包模式可能会导致建设周期较长，因为需要在多个阶段进行协调和管理。
政策推动先天不足，立法缺失
目前我国尚无工程总承包专门性法律法规，政策推动存在先天不足，立法缺失制约了工程总承包的健康发展。
“一刀切”式推广带来重大隐患
很多政府投资建设单位不考虑工程性质和项目实际情况，盲目跟风采用工程总承包模式，可能导致项目推进受阻，为工程埋下重大隐患。
业主择优选择承包方范围小
总承包模式可能限制了业主在选择承包方时的范围，不利于业主找到最适合的合作伙伴。
综上所述，工程总包模式虽然具有提高建设效率和质量的优势，但其缺点也不容忽视，需要综合考虑项目需求、自身能力和法律法规等因素，做出最合适的选择。
