工程管理制度主要包括以下几方面：

安全生产条件审查制度：

确保施工现场满足安全生产要求，对安全生产条件进行定期审查。

安全生产责任追究制度：

明确各级人员在安全生产中的责任，对发生的安全事故进行责任追究。

危险作业领导带班制度：

领导在危险作业现场带班，确保作业安全。

安全事故与信用考核挂钩制度：

将安全事故与企业和个人的信用挂钩，增加事故成本。

重大质量安全事故隐患“挂牌轻办整改销号”制度：

对重大质量安全事故隐患进行挂牌督办，确保及时整改并销号。

项目法人治理结构：

项目法人需依法完善治理结构，制定各项管理制度，并自查制度执行情况。

质量管理制度：

包括质量管理机构职责、岗位责任、质量目标管理、责任制、对参建单位的质量管理办法、施工图设计文件审查、设计变更、质量检查、质量例会、质量缺陷管理、质量验收、质量奖惩、责任追究、强制性条文执行监督检查、技术标准执行检查、质量考核、质量事故应急管理、质量事故处理等。

安全生产管理制度：

包括安全生产管理机构职责、岗位责任、安全目标管理、安全生产责任、安全生产费用管理、安全技术措施审查、安全设施“三同时”管理、安全生产教育培训、双重预防体系建设、生产安全事故隐患排查治理、重大危险源和危险物品管理、安全防护设施、生产设施及设备、危险性较大的单项工程、重大事故隐患治理验收、安全例会制度、消防、社会治安管理、应急管理、生产事故处理等。

财务管理制度：

包括会计人员岗位责任、资金使用、建设管理费、货币资金、会计电算化、费用审批和支付、财务印章、固定资产、全面预算、内部牵制、稽核、工程价款结算、保证金（保函）、成本核算、移民征地拆迁资金使用、会计账薄、融资、完工结算、竣工决算等。

工程进度、投资计划、招投标、合同管理制度：

确保工程按计划进度进行，投资控制在预算范围内，通过招投标选择合适的承包商，并加强合同管理。

施工现场扬尘防治、环境保护、水土保持制度：

减少施工对环境的影响，保护生态和土地资源。

农民工工资保障制度：

确保农民工按时足额发放工资，维护农民工合法权益。

这些制度旨在确保工程项目的质量、安全和进度，同时规范参建各方的行为，明确责任，加强监管，防范风险。