水利工程短板问题主要包括以下几个方面：

投资不足

水利工程建设需要大量的投资，但投资者面临较大的风险，且政府投资受财政收入限制，导致一些地区和农村地区的投资不足，难以满足基本需求。

设计和技术问题

很多项目设计存在错误和不足，影响实施效果。土地沉降、基础脆弱等技术问题可能带来严重灾难风险，增加收益不确定性。

管理和运行问题

建设和运行管理不当会导致缺水、淤积等问题，缺少有效保养和维护会影响工程使用寿命和效益。

缺乏统一规划

许多水利工程建设缺乏全局规划，导致河洪、滩涂、水量、水质等问题无法全面解决，存在重复建设和闲置问题。

水库建设对自然环境的影响

水库建设拦截水流，影响河流生态系统，可能引发地质灾害和泥石流等灾害风险。

安全隐患

过度利用地下水资源、工程质量不过关、维护保养不到位等问题存在安全隐患，可能引发人员伤亡等安全事故。

维护不到位

许多水利工程缺乏定期维护检修，影响使用寿命和效益，新技术、新工艺和新设备应用不及时。

水质问题

部分水利工程因污染和生态破坏导致水质恶化，存在水体富营养化问题。

灌溉制度不合理

农村地区常见的灌溉方式效率低，容易引发水浪费问题。

管理体制不健全

水利工程管理机构间管理不协调、分工不明确、信息不畅通，基层水利机构管理水平不足。

资金投入不足

水利工程需要海量资金投入，但政府投入不足，资金下沉不到基层，流转不通。

技术水平有待提高

水利领域技术创新速度慢，主要技术手段还是传统的，新型技术应用不足。

泄洪能力不足

一些水利工程的泄洪能力不能满足极端天气条件下的需求，导致洪涝灾害。

设施老化

主要水利工程设施如大坝、渠道等年限较长，出现老化、腐蚀、裂缝等问题。

管理不善

水利工程管理单位面临财力、技术、人力等方面的问题，导致项目管理不善。

水资源过度开发和利用

过度开发水资源导致水资源供应减少、水质恶化，影响生态环境和人民生活。

生态环境破坏

一些水利工程建设过程中忽视生态环境保护，破坏水域生态环境。

技术标准低

水利工程建设中存在技术标准低的问题，导致工程质量不稳定、工期拖延。

流程管理不合理

水利工程建设过程复杂，涉及环节较多，不合理的管理流程可能导致工程质量不稳定。

综上所述，水利工程的短板问题涉及投资、设计、管理、技术、环境等多个方面，需要政府、企业和社会各方共同努力，加大投入，加强管理，提高技术水平，确保水利工程建设的科学性和可持续性。