生物基因工程软件可以分为以下几类：

质粒绘图软件

Simvector：用于质粒绘图，操作系统为Windows，软件版本为174M。

Cloning20oGCK：凝胶图像分析软件，包含质粒作图、限制酶分析、引物设计、阅读框查找等功能。

引物设计软件

Primer Premier：专业的引物设计软件，具有PCR或测序引物以及杂交探针设计功能。

SnapGene：生物信息学软件，用于DNA序列分析和基因工程设计，具有直观的图形界面。

Premie：加拿大Premier公司推出的专业引物设计软件，具有高级引物索引、引物数据库、巢式引物设计、引物编辑和分析等功能。

综合性软件

VectorNtuisuite：综合性软件，包含质粒作图、限制酶分析、引物设计、阅读框查找等功能。

Serene：综合性软件，具体功能未详细描述。

DNASTAR：分子、结构、基因组的万花筒，包含序列编辑、转换、开放阅读框查找、引物设计、酶切作图、序列比对等功能。

基因编辑与仿真软件

北京欧倍尔基因编辑虚拟仿真实验软件：基于CRISPR/Cas9基因编辑技术，包含基因编辑载体构建虚拟仿真软件和基因编辑效率检测虚拟仿真软件两大模块。

序列比对与分析软件

SnapGene：用于DNA序列编辑和基因工程设计。

InSequence、 Clustal Omega、 MAFFT：广受欢迎的序列比对工具。

基因组注释与基因预测软件

Augustus、 Gene ID：常用的基因组注释工具。

变异分析与注释软件

SnpEff、 Variant Effect Predictor（VEP）：强大的变异注释工具。

蛋白质结构与功能预测软件

I-TASSER、 Integle InELN、 SWISS-MODEL：常用的蛋白质结构与功能预测工具。

编程语言及软件包

R语言：用于生物数据分析、生物信息学、基因组学以及群体遗传学等领域。

Python：生物信息学和生物工程中常用的编程语言，拥有丰富的科学计算库和生物信息学软件包。

Perl：在生物信息学和生物工程中广泛应用，尤其在处理fasta格式的序列文件、正则表达式匹配和文本解析等方面表现出色。

MATLAB：高级的数值计算和可视化编程语言，广泛应用于生物工程中的建模、仿真和数据处理等领域。

这些软件涵盖了基因工程研究的多个方面，从质粒绘图、引物设计到序列比对、基因组注释及蛋白质结构预测等，为科研人员提供了强大的工具支持。建议根据具体研究需求选择合适的软件。