对在建工程进行审计，主要目标是确保工程的存在性、所有权归属、记录完整性、减值准备计提方法的恰当性以及会计报表披露的准确性。以下是一些具体的审计程序：

获取或编制在建工程明细表

复核加计是否正确，并与报表数、总账数和明细账合计数核对相符。

检查本期在建工程增加、减少数

了解相关预算、结算、决算资料，核算政策、工程合同、协议等法律文件。

检查在建工程交付使用、竣工、完工情况及工程进度等。

检查在建工程期末余额的构成内容

实地观察工程现场，确定在建工程是否存在。

查询工程项目投保、抵押情况 。

确定在建工程在资产负债表上的披露是否恰当。

审计程序

获取或编制在建工程明细表，核对明细账与总账的余额是否相符。

检查在建工程项目、规模是否经授权批准。

抽查年度在建工程增加数的原始凭证是否齐全，会计处理是否正确。

检查已完工程项目以及其他转出数的原始凭证是否齐全，会计处理是否正确。

检查在建工程账户年末余额构成内容，并到工程现场实地观察、了解工程项目的实际完工进度，查看未安装设备的实际存在。

检查是否存在已交付使用，但未办理竣工交付使用手续，未及时进行会计处理的项目。

检查在建工程合约，以确定约定资本性支出。

验明在建工程是否已在资产负债表上恰当披露。

审前准备工作

收集工程相关的文件资料，如施工合同、招投标文件、编制标底等。

熟悉竣工图纸，核对所有图纸，清点无误后依次识读。

了解决算包括的范围，如配套设施、室外管线、道路以及会审图纸后的设计变更等。

弄清所采用的单位估价表，收集熟悉相应的单价、定额资料。

建设项目跟踪审计程序及相关要求

在建设项目正式立项时，将其纳入审计视野，关注各项前期准备工作。

审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，参加重要会议，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并作好会议记录。

对中标合同价进行控制，不允许施工现场随意变更设计、增项、减项、扩大工程造价。

对工程用料、隐蔽工程进行质量和数量监控，防止施工单位偷工减料或以次充好。所有隐蔽工程除应有甲方施工现场管理人员、监理人员签字外，还必须有跟踪审计人员签字。

审计组成员应经常深入施工现场，掌握工程进展、变更等真实情况，了解工程建设中涉及的有关技术问题，熟悉工程计量规则及有关费用的测算办法，并作好相关记录。对各参建单位实际完成的工作内容、工作数量、工作质量进行核定，开具核定单。

根据跟踪审计实施方案的要求，要求被审计单位按照审计组规定的时间和方法报送工程结算资料，并及时确定审计结果。

通过以上步骤和程序，审计人员可以全面、系统地对在建工程进行审计，确保工程项目的真实性、合规性和准确性。