工程进度款付款流程通常包括以下几个步骤：

施工单位提交申请

施工单位向工程部提交进度款《工程款支付申请表》，并附上已完工程的预算书等相关资料，由施工单位项目经理签字确认。

工程部审核

工程部审核当月完成的部位及项目和相关工程量，审核完毕后由工程部经理签字，然后将申请表交到预算专员。

预算专员审核

预算专员审核已完成工程量及工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定审批工程款，并签字确认。若预算办要求提供电子版预算书，施工单位需积极配合提供。

财务部审核

预算专员将进度款《工程款支付申请表》上交财务部审核。财务部审核无误后，将申请表交由总经理和董事长审批。

开具发票

施工单位根据审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》中的金额开具当地建安发票，发票内容需与申请表中的工程项目一致。

提交发票与复核

施工单位将审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》及相应金额的建安发票上交到财务部。财务部复核申请表金额与发票金额是否一致，并核对发票各项内容后，交到出纳处办理款项转付。

此外，按月结算的情况下，施工企业在旬末或月中旬提出预支工程款账单，预支一旬或半月的工程款，月终提出工程款结算账单和已完工程月报表，收取当月工程价款，并通过银行进行结算。整个过程中，需要对现场已施工完毕的工程逐一进行清点，资料提出后需交监理工程师和建设单位审查签证。

建议在实际应用中，各方应严格按照流程操作，确保每一步骤都得到妥善执行，以保障工程进度款的准确支付和合同的顺利履行。