开工程发票后的做账方法如下：

收到工程款

借记银行存款或应收账款，表示收到客户支付的款项，入账时记录在银行存款账户或应收账款账户中。

贷记预收账款-工程，因为在开展工程业务时，客户有可能会在工程开始之前支付部分工程款项作为预付款。

确认收入

工程完成时或可按百分比确认收入，借记预收账款，贷记主营业务收入，相关的发票金额应在主营业务收入账户中计入。

应交税费-应交增值税（销项税额）也应计入应交增值税账户中。

每月根据确认的产值确认收入，结转成本

借：主营业务成本 工程施工--合同毛利 贷：主营业务收入。

年末根据工程部核实的项目进行收入和成本的调整（调减用负数）。

工程完工后

根据决算文件，扣除以前年度确认的收入和成本，来确认当期收入和成本。

借：主营业务成本 工程施工--合同毛利 贷：主营业务收入。

计算各期应交纳的税金及附加

借：税金及附加 贷：应交税费--应交营业税、应交城建税等 --应交教育费附加。

开出销售发票

借：主营业务收入，应交税费-应交增值税（销项税额） 贷：银行存款等。

实际合同成本

借：工程施工 贷：应付职工薪酬/库存商品等。

已结算工程价款

借：应收账款 贷：工程结算。

支付剩余工程尾款

借：其他应付款-A单位 贷：银行存款。

小微企业免税

销售收入时作分录：借：银行存款，贷：应收账款-X单位名称，贷：主营业务收入-X种，贷： 应缴税费-应缴增值税。

免征增值税时作分录：借：应缴税费-应缴增值税，贷：营业外收入-政府补助。

以上是开工程发票后的做账方法，具体情况可以根据实际业务进行调整。建议在实际操作中咨询专业的会计师或财务顾问，以确保会计处理的准确性和合规性。