工程分包的预缴税款流程如下：

增值税预缴

简易计税方法：总分包方均需在建筑服务发生地预缴增值税。预缴税款计算公式为：预缴缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1 + 3%） × 3%。

一般计税方法：一般计税时，总承包方应全额纳税，但可以抵扣进项税。简易计税平移了营业税的差额纳税政策。

所得税预缴

企业所得税：企业应在每月25日前，将上月应缴税金缴至税务机关指定的国库账户。企业所得税按照国家法定的税率征收。

个人所得税：分包方应对分包方完成的分包金额承担相应的纳税义务，包括个人所得税。

具体操作流程

总包与分包均为异地企业

总分包方均需在建筑服务发生地预缴税款，分包方先预缴，总包方后预缴，或者双方同时预缴（一个月内）。

总包为异地企业，分包为本地企业

分包无需预缴，总包持分包发票差额预缴。

总包为本地企业，分包为异地企业

分包应预缴税款，总包无需预缴，在机构地税务机关申报后缴纳。

示例计算

假设A公司承包了一项工程，造价100万元，把其中的20万元分包给B公司，收到工程款100万元后支付分包款并取得了增值税普通发票，A公司采取简易计税，差额纳税计算如下：

应纳税额 = （100 - 20） ÷ 1.03 × 0.03 = 2.33万元。

会计分录

1. 收到工程结算款项，全额开票：

借：银行存款 100

贷：工程结算（小企业会计准则：主营业务收入）97.09

应交税费—简易计税（计提）2.91。

2. 取得分包发票，差额纳税：

借：工程施工—合同成本 19.42

应交税费—简易计税（扣除）0.58

贷：银行存款 20。

3. 异地项目差额预缴：

借：应交税费—简易计税（预缴）2.33

贷：银行存款 2.33。

4. 结转成本：

借：主营业务成本 19.42

贷：工程施工—合同成本 19.42。

通过以上步骤和计算，工程分包的预缴税款流程得以明确，确保税务处理的准确性和合规性。