保护工程窗户可以从以下几个方面进行：

存放环境

门窗应放置在清洁、平整的地方，避免日晒、雨淋，并不得与腐蚀物质接触。门窗不应直接接触地面，下部应放垫木，且应立放，立放角度不应小于70度，并应采取防倾倒措施。

储存门窗的环境温度应不小于5℃，与热源的距离不应小于1m，门窗在现场的放置时间不得超过两个月。

安装过程

在安装过程中，应及时清除门窗表面水泥砂浆。

已安装好的窗框、扇的洞口不得再做运料通道。

严禁在门窗框、扇上支脚手架、悬挂重物；外脚手架不得压在门窗框、扇上，并严禁踩踏窗框、窗扇或窗撑。

应防止力器划伤门窗表面，并应防止电、气焊火花烧伤面层。

运输和搬运

门窗在运输时要遵守轻拿轻放的原则，并做好保护措施，防止门窗遭到挤压、磕碰而变形损坏。

墙面抹灰结束后，要及时将残留在门窗框、扇上的砂浆清理干净。

装修作业

装修作业时，应采取措施防止门窗污染并严禁碰撞门窗。

安装门窗时要轻拿轻放，防止损坏成品，修理门窗时不能硬撬，以免损坏扇料和五金配件。

使用保护膜

门窗保护膜应检查完整无损后再进行安装，安装后应及时将出入处的门框两侧用木板条捆绑好，并禁止从窗口运送任何材料，防止碰撞损坏。

定期检查和维护

定期检查窗户的框架和玻璃没有破损或松动，以减少事故的发生。检查并更换窗户密封条，以确保其完好，避免漏风或漏雨。另外，定期清洁窗户，清除窗户上的尘土和杂物，保持窗户的透明度和美观性。

通过以上措施，可以有效保护工程窗户，确保其安装质量和使用寿命。