政府支付工程款的方式和流程如下：

预付款支付流程

施工单位提交预付款《工程款支付申请表》给预算专员，施工单位项目经理签字确认。

预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署预付款《工程款支付申请表》后交给财务部。

财务部再次复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审核审批通过的《工程款支付申请表》交给出纳安排付款。

进度款支付流程

施工单位先向工程部提交进度款《工程款支付申请表》，要求附上已完工程的预算书，一式叁份（工程部、预算办、财务部各一份），施工单位项目经理签字。

工程部审核当月完成的部位及项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员。

预算专员审核已完成工程量，并审核工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定，审批工程款，然后预算专员签字确认。

预算专员将进度款《工程款支付申请表》上交财务部审核。

财务部审核无误后，将进度款《工程款支付申请表》交由总经理和董事长审批。

施工单位根据审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》中的金额开具当地建安发票，发票需按进度款《工程款支付申请表》中的工程项目分别填开。

竣工后结算流程

工程款（含预付工程款）原则上应按照合同规定进行支付，拨款后余款经工程结、决算后，按合同规定缴纳或者扣除工程质量保证金后支付，工程质量保证金按照合同规定时间支付给中标单位或委托人。

其他注意事项

施工单位必须在每月10日前将完税发票交财务，财务收到发票后在三个工作日内付款。

工程款支付应严格按照合同约定执行，确保及时足额支付，避免拖欠。

这些流程和规定旨在确保政府工程款的支付过程透明、规范，并保障施工单位和农民工的合法权益。