工程分包的税费扣除主要涉及以下几个方面：

营业税

建筑业总承包人在分包工程时，应以合同总金额减去支付给分包方的价款后的余额计算并缴纳营业税。分包方也需对其分包金额承担相应的纳税义务。

增值税

工程分包的应纳税额为取得的全部价款和价外费用减去支付给其他单位的分包款后的余额。总承包方作为法定扣缴义务人，需要代扣代缴分包方的增值税。

个人所得税

分包方从事建筑安装业取得的所得，应依法缴纳个人所得税。

其他附加税费

总承包方在计算增值税时，还需代扣代缴城建税、教育费附加和地方教育费附加。

企业所得税

企业所得税应在机构所在地按季预缴，年终汇算清缴。总分包模式下，总承包企业代扣代缴的税款不再重复缴纳营业税、城建和教育费附加。

具体计算步骤：

计算总营业额

总营业额 = 总承包方取得的全部价款和价外费用。

扣除分包款

扣除分包款后的余额 = 总营业额 - 支付给分包方的价款。

计算增值税

增值税应纳税额 = 扣除分包款后的余额 × 增值税税率（一般纳税人11%，小规模纳税人3%）。

计算附加税费

城建税 = 增值税 × 7%或5%。

教育费附加 = 增值税 × 3%。

地方教育费附加 = 增值税 × 2%。

计算个人所得税

个人所得税 = 分包方取得的所得 × 个人所得税税率。

计算企业所得税

企业所得税 = 利润总额 × 所得税税率。

建议：

总承包方在工程分包过程中，应严格按照相关税法规定进行税费扣除和申报，确保合法合规经营，避免因税务问题产生不必要的风险和损失。同时，分包方也应做好相应的税务筹划和纳税义务履行。