工程公司的运行方式主要有以下几种：

自营方式

定义：业主自己组织力量完成建设工程项目的经营方式。包括计划编制、设计委托、地点选择、土地征用到施工组织等所有环节都由业主自行完成。

优点：

有利于业主对工程全过程的集中统一管理。

可以调动业主完成工程任务的主动性和积极性。

缺点：

组织机构不稳定。

技术力量弱。

管理水平低。

经济效益差。

承发包方式

定义：业主将建设工程项目发包给建筑承包企业，由承包企业按期优质全面完成建设施工任务的经营方式。

具体经营方式：

总、分包方式：有一个建筑承包企业作为总包，与业主签订工程合同，然后将部分工程分包给其他企业完成，通过分包合同明确双方的经济责任。

联合承包方式：两家或两家以上的建筑承包企业共同向业主承包工程任务，并按各自的投入、人力份额或风险承担分享利润与承担风险。

设计—施工联合承包方式：结合设计与施工，由一个企业完成工程的设计和施工任务。

公司运行程序

公司总体运行：

公司总经理负责全面工作。

工程安全部、经营部、材料部、机械设备部、财务部、办公室、项目部在总经理领导下开展工作。

工程施工运行：

工程施工由项目部完成，项目经理（或主管工长）负责组建项目部并签订目标责任书。

项目经理根据公司工程部制定的各项要求及施工现场实际情况，制定质量保证措施、工程进度保证措施等，并报工程部审核、确定后施行。

公司工程部对各项目部的施工队伍进行统一安排，起草承包合同并报公司总经理审批，合同签订后作为结算依据。

对项目部管理人员和工人班组的管理：遵守公司规章制度，服从公司及项目部统一安排。

营销与运作流程

包括营销部、研发设计部、工程建设部、预算部、采购部、综合办、财务部、副总经理、总经理等部门的运作。

主要流程包括：制定招标通知书、发布招标公告、招标、评标、确定中标方、签订合同、预付货款、供货与验收、支付货款、质保期结束后的付款等。

这些运行方式和程序确保了工程公司在不同项目中的高效管理和运作，同时也明确了各部门的职责和协作关系。根据具体项目的特点和需求，工程公司可以选择合适的经营方式和运行程序，以确保项目的顺利进行和高质量完成。