工程款中扣除水电费的方式主要取决于合同约定以及实际管理方式。以下是几种常见的情况和操作方法：

乙方负责水电费

乙方需自行到供电局和自来水公司缴纳水电费，包括电费和水费。

乙方还需承担无功损耗及利率价差所产生的电价差费用。

甲方负责垫付水电费

甲方先垫付水电费，并通过挂表向供电局和水公司缴纳。

甲方在每次支付给乙方的工程款中进行扣除，或者在工程结算时一次性扣除实际缴纳的额度。

甲方未挂表，水电费由甲方负担

甲方负责全部水电费用，但不会承担乙方应承担的部分。

在结算时，甲方将工程造价中的水电费用直接扣除，这可能需要较大的工作量，或者依据地方规定按系数扣除。

施工单位自行装表实算

施工单位负责自己装表并承担水电气费用，按实际用量支付。

按定额含量扣除

各地工程造价管理部门通常有相关规定，按直接费的千分之几或人工费的百分比来扣除水电费。例如，土建工程中电费为直接费的千分之四，水费为千分之三；安装工程中电费为人工费的百分之四点六，水费为百分之三。

按实际用量乘以单价计算

水电费通常按实际用量乘以单价从工程总造价中扣除，具体扣取比例依据合同约定。

建议

明确合同条款：在工程合同中应明确水电费的承担方和扣取方式，以避免后期纠纷。

精确计算：在预结算或结算时，应详细分析水电费用，确保按定额或实际用量准确扣除。

保留凭证：无论是乙方缴费还是甲方垫付，都应保留相关缴费凭证，以备后续核算。

这些方法适用于不同的工程项目和管理模式，具体操作时应根据实际情况选择最合适的方式。