工程居间费的收取应合理、公正，并充分考虑行业特点和服务内容。以下是一些关于如何合理收取工程居间费的建议：

确定居间费比例

居间费通常在合同总金额的1%到5%之间，但具体比例需根据工程类型、利润大小、付款条件等因素综合考虑。

对于劳务服务工程，利润预估在15%到20%，居间费为1%到3%；钢结构或消防水电类工程，利润预估在20%到30%，居间费为2%到4%；土方绿化类项目，利润预估在30%到45%，居间费为3%到5%；土建总包类工程，利润预估在20%左右，居间费为2%到3%。

遵守税务规定

居间费如果超过了合同确认收入金额的5%，超出部分无法作为合法的税前扣除。

居间人需要依法缴纳个人所得税，劳务报酬的个人所得税高达20%到40%，建议在税收扶持园区申请自然人代开或成立个体户，以降低税负。

明确合同条款

在签订居间合同时，双方应明确约定居间费用的支付方式与金额，以避免后续纠纷。

居间费用的收费标准必须符合行业的常理，一般在合同总价的2%到5%之间。

确保业务真实性

居间业务必须真实，确保四流合一（合同、发票、资金、货物），以保障居间合同的合法性。

合理运用政策

可以利用税收扶持园区的政策，如自然人代开或成立个体户，以降低税负。

考虑市场行情

居间费的收取标准应根据市场行情进行调整，确保合理且符合行业规则。

协商一致

居间费的最终确定应通过双方协商一致，确保双方利益均得到保障。

综上所述，工程居间费的收取应在合法合规的前提下，根据工程类型、利润预估、付款条件等因素合理确定，并确保合同条款的明确性和真实性，以规避潜在风险。