处理工程超量施工的问题，首先应当查看施工合同中的相关条款，以确定是否有明确的约定来处理工程量超出部分。以下是具体的处理步骤和建议：

查看合同约定

如果合同中有明确的约定，比如超量部分的结算方式、价格调整机制等，则应按照合同约定的方式来处理。

如果合同中没有明确约定，则可以根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关法律规定进行处理。

协商处理

若合同没有约定，发包人应与中标方进行协商，确定超量部分的结算方式、价格调整及后续处理事宜。

协商过程中，双方应本着公平、合理的原则，确保双方利益不受损害。

现场签证

对于超出的工程量，应及时办理现场签证，并由监理和甲方确认，作为结算的依据。

签证文件应详细记录超量部分的内容、原因及费用，以便在后续结算过程中有据可查。

补充协议

如果双方协商一致，可以签订补充协议，明确超量部分的结算方式、费用调整及其他相关事宜。

补充协议应与原合同具有同等法律效力，双方均应遵守。

法律途径

若协商无果，双方可以通过法律途径解决纠纷，如提交仲裁或向法院提起诉讼。

在法律程序中，双方应提供充分的证据，如合同、签证文件、协商记录等，以支持各自的诉求。

预防措施

为避免类似纠纷再次发生，建议在签订合同时，明确约定变更工程量的程序和标准，以及如何处理超出合同工程量的后续事宜。

在施工过程中，双方应保持及时沟通，共同确认工程量变化，确保工程量变更的准确性和合理性。

通过以上步骤和建议，可以有效地处理工程超量施工的问题，确保双方的利益得到合理保障。