工程结算时社保费用的结算方式如下：

缴纳方式

建设工程社会保障费由建设单位在工程开工前按工程项目造价中规定的费率一次性缴清，不得减免。

具体手续包括：

建设单位携带中标通知书和投标预算到市工程征管处计算应缴金额，领取银行进账单。

建设单位到其开户银行直接办理划缴手续。

建设工程社会保障费到账后，建设单位携带银行进账单回执到市工程费征管处换领建设工程社会保障费预收款收据和缴纳证明（作为办理施工许可的凭证）。

结算方式

工程项目开工时，由征管机构直接划缴工程项目施工作业人员（农民工）的工伤、费，汇缴到市基金专户。

工程施工期间，施工企业通过其它渠道为参与工程项目建设的各类从业人员办理有关社会保险的，可持《社会保险登记证》申请结算，依据实名制管理情况按一定比例向施工企业拨付。

工程项目竣工验收后，上述支出后的余额及银行活期利息，由征管机构一次性拨付给施工企业。

费用记取

社会保障费在工程预算中列支，无论是工程量清单计价还是定额计价，社会保障费都作为规费的一部分记取。

具体记取方法为：

工程量清单计价中：社会保障费 =（分部分项 + 措施项 + 其他项目）* 费率。

定额计价中：社会保障费 =（直接工程费 + 措施费 + 管理费 + 利润）* 费率。

税务处理

社会保障费参与取税，如果开工前甲方未交纳此费用，在结算中，计入该项费用。

财务处理

建设方代交的社会保障费，构成一项应收暂付的债权，建筑方是债务人，是社会保障费的承担主体。

建设方在办理报建、开工手续前（即领取施工许可证前），先按工程总造价支付“劳保金”，可以抵扣工程进度款，项目竣工时，依据多退少补的原则结算。

建议：

建设单位应严格按照规定时间和程序缴纳社会保障费，并在工程竣工后及时办理结算手续，确保施工企业能够及时获取应得的社会保障费用。

施工企业应妥善保管相关凭证和资料，以便在工程结算时能够准确无误地申请和领取社会保障费用。