工程中的违章处理方式主要取决于违章的类型、严重程度以及具体法律法规。以下是一些常见的处理方式：

行政处罚

罚款：对于违反施工规范或未设置明显施工标志和安全防护设施等轻微违章行为，相关部门可能会处以罚款，金额通常根据违章行为的严重程度而定。

责令改正：要求施工单位改正违章行为，如未设置施工标志或安全防护设施等。

暂扣或吊销许可证：对于严重违章行为，如无证施工或造成重大安全事故，可能会暂扣或吊销施工许可证。

刑事责任

如果施工违章行为造成人员伤亡或重大财产损失，可能涉及刑事责任，包括刑事拘留、有期徒刑等。

民事赔偿

对于因施工违章导致的事故，施工方可能需要承担民事赔偿责任，赔偿受害方的损失。

行政复议或诉讼

如果存在纠纷，当事人可以通过行政复议或诉讼的方式解决。

其他措施

强制拆除：对于无法采取改正措施消除对规划实施影响的违法建筑，相关部门可以责令其限期拆除，必要时可以采取强制拆除措施。

查封施工现场：在当事人不停止建设或逾期不拆除的情况下，县级以上地方人民政府可以责成相关部门查封施工现场。

建议

及时整改：施工单位在发现违章行为后，应立即采取措施进行整改，避免事态扩大。

收集证据：保留现场照片、施工记录等相关证据，以便在需要时提供证明。

积极沟通：与相关部门积极沟通，配合调查，争取减轻处罚。

寻求专业法律帮助：在处理复杂或严重违章情况时，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益。

以上信息仅供参考，具体处理方式还需根据当地法律法规和实际情况进行判断。