生物发酵工程的基本步骤如下：
选育菌种
可以从自然界中筛选，也可以通过诱变育种或基因工程育种获得适合发酵的菌种。
扩大培养
将菌体进行短期快速繁殖，以获得足够多的菌种用于后续的发酵过程。
配制培养基
根据选定的菌种选择合适的原料来制备培养基，并通过反复试验确定最佳的配方。
灭菌
对培养基和发酵设备进行严格的灭菌处理，以确保发酵过程中无杂菌污染。
接种
将微生物的培养物或含有微生物的样品移植到发酵罐中，开始发酵过程。
发酵罐内发酵
这是发酵工程的中心环节，需要随时检测培养液中的微生物数量、产物浓度等，并根据需要添加必需的营养组分和控制发酵条件如温度、pH和溶解氧等，以保证微生物的最佳生长状态。
分离、提纯产物
若发酵产品是微生物细胞本身，可以采用过滤、沉淀等方法将菌体分离和干燥；若产品是代谢物，则需根据其性质采取适当的提取、分离和纯化措施来获得产品。
获得产品
经过上述步骤后，最终获得发酵产品，可以是菌体或代谢物。
建议
优化菌种：选择高产、抗逆性强的菌种是提高发酵效率的关键。
精细控制：严格控制发酵条件，如温度、pH值和溶解氧，以优化微生物的生长和代谢。
严格灭菌：确保发酵过程中无杂菌污染，保证产品的纯度和安全性。
高效分离：选择合适的分离和提纯方法，以提高产品的收率和纯度。
通过以上步骤和注意事项，可以有效进行生物发酵工程，生产出高质量的产品。
