当班组工程亏本时，可以采取以下几种方法来处理：
协商处理
首先，可以尝试与甲方进行协商，说明亏本的原因和金额，看是否能够达成一定的补助协议。在协商过程中，要保持冷静，理性分析，提出合理的赔偿或补助要求。
法律途径
如果协商无果，可以通过法律途径解决。具体方法包括：
申请支付令：如果用人单位未能按时、足额支付劳动报酬，可以向当地人民法院申请支付令，要求用人单位支付所欠款项。
提起诉讼：可以携带相关证据，如欠条、合同、支付记录等，向人民法院提起民事诉讼。法院会根据事实情况作出判决，要求用人单位支付所欠款项。
申请劳动仲裁：在劳动争议发生时，可以向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。如果仲裁结果不满，还可以向人民法院提起诉讼。
和解与调解
在项目工程建设的过程中，可以通过和解或调解的方式解决纠纷。和解是指当事人在自愿友好的基础上互相沟通、谅解，从而解决纠纷；调解是指通过第三人的介入，促使双方互相作出适当让步，平息争端，自愿达成协议。
整理证据
在采取法律途径前，需要整理好相关证据，包括亏本的详细记录、支付记录、合同等，以便在诉讼过程中有充分的证据支持自己的主张。
咨询专业律师
在处理工程亏本的过程中，建议咨询专业的建筑工程律师，获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和代理服务。
通过以上方法，可以有效地处理班组工程亏本的问题，维护各方的合法权益。
