种树工程审计可以通过以下几个步骤来进行：

重视招标文件和合同的审计

仔细审查施工单位清单报价或中标文件编制，发现差错或遗漏时，应及时与施工单位协调，建议修改或增加补充协议。

选择适时的审计时间

在花木栽植后，特别是在养护期满后，进行审计，以便准确计算花草的实际成活面积或成活棵数，从而准确计算工程造价。

严格按施工图、设计变更及相关手续核实苗木数量、规格

对施工单位随意变更或增加苗木品种和栽植数量的行为进行审查，确保按设计方案和招标清单要求栽植相应的苗木品种和数量。

关注苗木变更的合理性

审查设计变更是否履行审批手续，防止施工单位通过变更增加结算值。

关注苗木规格质量

重点审计苗木的高度、胸径、冠幅、分枝数等规格，确保其符合招标要求，防止“以次充好”。

现场工程量审核

对绿化现场工程量进行审核，注意工程主材的品种和数量变更，确保工程量与招标时的工程量一致。

苗木分类审核

根据乔木、花卉等不同类别，分别进行审核，注意不同品种和规格苗木的价格差异。

利用计算机辅助审计

通过对比所在地区周边苗木的价格、市场价格、定额价格等信息，找出差距，提升审计的效率和准确性。

重视绿化审计现场的勘察工作

结合招标文件及苗木种植指标，利用测量工具全面勘察现场，测量苗木的栽植面积、树木的胸径、高度、冠幅等，并记录相关信息。

综合审查相关费用

重点审查合同外费用的核定、综合单价中已包含的费用是否重复计取、超期养护费是否合理计取、工期奖惩条款是否履行等。

通过以上步骤，可以全面而准确地审计种树工程，确保工程造价的合理性和准确性，同时也有助于提高绿化工程审计的质量和效率。