工程审计的具体操作步骤如下：

资料收集与审前调查

接收并登记施工单位送达的审计资料，填写审计资料交接清单。

对施工单位的送审资料进行详细登记，包括项目名称、送达时间、联系人及电话、送审金额、初审情况等。

由审计组长进行审前调查，填写项目信息表，并制作审前调查报告或记录。

审计准备

主审制定审计方案，可采取表格式或文本式，明确审计重点、范围、方法和时间安排。

主审负责草拟审计通知书，包括承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单等，并由分管局长签发。

审计实施

对组织审计的项目，主审需对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。

外聘人员与施工单位核对前，需将初审情况告知主审，主审与施工单位联系并在审计局指定地点进行核对。

工程量的复核需工程部、审计部、主审与施工单位四方进行现场测量，并将测量结果形成书面勘察记录。

对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导参加，形成一致意见的均应形成业务会议纪要。

工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。建设、施工单位各执一份，主审留档两份，其余交科室专人留存。

审计结案

主审对审计结果草拟审计报告征求意见稿，并将审计资料整理后一并送达科室负责人审核。

草拟的审计报告经分管局长审核后送达被审计单位征求意见，主审负责填写审计报告反馈意见说明书。

主审负责编写正式审计报告和审计决定，科室负责人负责填写审计报告审核意见书，递交法制部门复核。

主审负责审计结果文书的送达及审计决定执行事项，由主审将审计结果文书送达科室统计员进行统计和上报，并进行审计回访。

审计档案

审计主审负责项目立档，装订前由档案专管员负责进行审核。

其他注意事项

工程竣工结算报告金额的审查时间根据工程规模有所不同，具体为：

500万元以下：从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起20天。

500万元-2000万元：从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起30天。

2000万元-5000万元：从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起45天。

5000万元以上：从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起60天。

建设项目竣工总结算在最后一个单项工程竣工结算审查确认后15天内汇总，送发包人后30天内审查完成。

通过以上步骤，可以确保工程审计的顺利进行和高质量完成。