工程串标的处理方式主要包括行政处罚和刑事处罚，具体如下：
行政处罚
中标无效：投标人相互串通投标或者与招标人串通投标的，中标结果无效。
罚款：对串标行为的投标人处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款，有违法所得的，并处没收违法所得。
限制投标资格：情节严重的，取消投标人一年至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照。
刑事处罚
有期徒刑或拘役：投标人相互串通投标报价，损害招标人或者其他投标人利益，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
罚金：对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可并处或单处罚金。
其他后果
民事赔偿责任：串标行为给他人造成损失的，依法承担赔偿责任。
建议
加强内部管理：企业应加强内部管理和培训，防止员工参与串标行为。
积极准备证据：如果未参与串标，应积极准备证据进行反驳，提交申诉或复议，必要时可通过诉讼维护自己的合法权益。
诚信投标：所有参与投标的单位应遵守诚信原则，杜绝串标等违法行为，共同维护公平、公正的招投标环境。
以上处理方式均依据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条和《中华人民共和国刑法》第二百二十三条的规定。
