工程合同结算方式可以根据工程的具体情况和双方的需求进行定制。以下是一些常见的工程合同结算方式及其要点：

预付款

甲方在合同签订后的一定时间内（如5个工作日）支付给乙方一定比例的预付款（如合同总价的10%）。预付款通常用于乙方启动工程项目的前期准备工作，如材料采购、设备租赁等。预付款会在后续进度款中按比例扣回。

进度款

乙方根据合同约定的工程进度计划完成相应工作，并向甲方提出进度款支付申请。

甲方在收到申请后，应在规定时间内（如7个工作日）完成审核，并根据实际情况支付相应的进度款。

进度款的支付比例和时间应根据工程进度的实际情况确定，通常按照合同约定的里程碑节点进行支付。若乙方未能按计划完成工作，甲方有权暂停支付进度款，直至乙方恢复履行合同义务。

竣工款

工程项目竣工验收合格后，乙方应向甲方提交竣工报告及相关验收文件。

甲方在确认竣工报告及验收文件无误后，应在规定时间内（如15个工作日）支付给乙方约定的竣工款项，通常为合同总价的一定比例。

竣工款的支付应在扣除已支付的预付款和进度款后的余额基础上进行。

质量保证金

工程竣工验收合格后，甲方应向乙方支付合同总价款的95%。剩余的5%作为质量保证金，自工程竣工验收合格之日起算，质保期内无质量问题，质保金予以退还。

工程变更及调整

合同执行过程中，如因设计变更、工程量增减等原因导致合同总价款发生变动，双方应按照附件《工程变更及调整办法》进行协商确定。

工程变更及调整后的价款，应作为合同总价款的一部分，按照本合同约定的付款进度进行支付。

按月结算

实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的方法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。

竣工后一次结算

建设项目或单项工程全部建筑安装工程建设期在12个月以内，或者工程承包价值在100万元以下的，可以实行工程价款每月月中预支，竣工后一次结算。

分段结算

当年开工，当年不能竣工的单项工程或单位工程按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。

目标结算方式

在工程合同中，将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程款的前提条件。即施工单位完成单元工程内容并经业主验收后，业主支付构成单元工程内容的工程价款。

在选择工程合同结算方式时，应综合考虑工程规模、工期、双方的资金安排及风险控制等因素，确保合同条款明确、合理，以保障双方的权益。