挂靠公司包工程的缴税方式如下：
营业税及附加税费
总承包单位应以工程收入为基数计算缴纳营业税及相应的税金附加。
总承包单位作为法定的代扣代缴纳税义务人，应以分包人分包的工程造价为基数代扣代缴营业税及相应的税金附加。
个人所得税
挂靠人（包工头）自行雇佣工人，其工资支出不能作为计税工资在税前扣除，而必须到税务机关开具劳务发票，征收个人所得税。
从事建筑安装业的工程承包人、个体户及其他个人为个人所得税的纳税义务人，其取得的所得应依法缴纳个人所得税。
企业所得税
挂靠人一般只缴管理费，其他问题全部由挂靠人自己承担，包括企业所得税。
管理费
挂靠公司会收取一定的管理费，费用标准一般为工程收入的5%到13%，具体比例可以自行协商。
增值税
如果挂靠人以被挂靠人名义对外经营并由发包人承担相关法律责任，则被挂靠人需要缴纳增值税。挂靠人作为纳税人，其收到的挂靠费应按照商务辅助服务、企业管理服务缴纳增值税。
其他税费
根据工程的具体情况，可能还需要缴纳其他税费，如城建税、教育费附加等。
建议
挂靠人应自行负责工人的工资支付和税务开具，确保合法合规。
挂靠公司应严格按照法律规定代扣代缴相关税费，并合理收取管理费。
双方应在合同中明确约定税费承担方式和比例，以避免后续纠纷。
以上信息基于最新的法律法规和权威解释，具体操作时应咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保符合最新的税务规定。
