管理工程公司需要综合运用多种策略和方法，以确保工程进度、质量和成本的控制，同时激励员工，建立良好的合作关系。以下是一些建议：

人事管理

派遣特派管理人员：总公司应派遣业务素养强、思想道德健全、知识水平高的负责人到各个分公司，以带动公司整体业务的飞速发展。

建立健全管理制度：包括档案管理制度、工程现场财务账目进出管理制度等，确保责任具体到个人，信息对称，便于沟通协作。

调动员工积极性：通过举办聚会、Party等活动，以及定期和不定期的督导、视察，提高员工的工作紧迫性和乐观性。

沟通与合作

建立合同和项目计划：明确责任和目标，确保施工单位按时完成任务并符合质量要求。

定期现场检查与沟通：及时解决问题和调整计划，保持透明和公正，对施工单位的工作进行评估和考核。

激励与惩罚机制：建立良好的激励和惩罚机制，激励施工单位的表现并对不良表现采取相应的措施。

制度化管理

建立施工单位准入制度：确保施工单位具备生产能力并形成竞争力。

设计标准合同：尽量采用标准格式的合同，并按合同办事，做好合同管理。

建立健全工程管理制度：如材料设备进入管理制度、样板制度、安全文明施工管理制度、验收制度等。

程序化管理：建立健全各种程序，如材料报验程序、工程款支付程序、工程签证程序、设计变更审批程序等。

现场施工管理

明确各部门管理职责：涉及工程设计部门、工程管理部门、材料采购部门、安全部门等。

工程投资计划管理：包括工程背景、工程方案、投资估算、立项原因、计划进度、实施部门等。

工程前期管理：实施审批、建设手续、工程采购、勘察设计。

工程施工管理：安全管理、投资控制、进度控制、质量控制、竣工验收与保修。

工程转资管理。

激励与约束

奖罚激励措施：对工程质量、安全及文明施工、进度进行同期性考核评比及奖罚。

监督机制：建立全方位的监督机制，加强对管理、设备、材料和人工成本费用的控制。

利用现代技术

计算机辅助管理：利用计算机技术促进建筑工程管理体系效率的快速提升。

畅捷通代账软件：使用专业的财务管理软件，提高财务管理的效率和准确性。

项目经理队伍管理

项目经理资质认证制度：通过考试和考核相结合的办法，实现人尽其才。

项目经理答问制度：对任何工程的投标或承包施工，都应由专家评委根据工程特点和需要提出问题，再根据项目经理回答问题的情况，确定是否中标或承担施工。

跟踪管理：通过详细全面的资料，全面反映项目经理的管理水平，并运用市场经济优胜劣汰的竞争原则，促进项目经理自身素质的提高。

通过以上措施，可以有效地管理工程公司，确保工程项目的顺利进行和高质量完成。