工程类税种的缴纳方式如下：

增值税

一般纳税人：增值税税率为9%或3%（选择简易计税方法或小规模纳税人）。计算方法为：应纳增值税=当期销项税额-当期进项税额。销项税额分材料销售和工程施工，分别为不含税销售收入的13%和9%。

小规模纳税人：增值税税率为3%，按季度申报纳税。可以开具增值税普通发票，但不能用于抵扣进项税额。目前享受减按1%征收率的政策。

城市维护建设税

税率根据工程所在地的城乡类型不同分别为7%、5%和1%。计算公式为：应纳税额=增值税额×适用税率。

教育费附加和地方教育费附加

教育费附加按增值税的3%缴纳，地方教育费附加按增值税的2%缴纳。计算公式为：应交教育费附加额=增值税额×3%。

印花税

建筑安装工程承包合同的印花税按合同承包金额万分之三计算。

个人所得税

个人承包工程：按工程结算款计算缴纳个人所得税，税率1%-2%。具体税率根据个人收入情况适用超额累进税率。

企业承包工程：企业所得税按季度预交申报，年底汇算清缴，税率为25%。小微企业可享受税收优惠，减按20%的税率缴纳企业所得税。

其他税种

根据工程具体情况可能还需要缴纳如水利基金等额外税种。

建议

一般纳税人和 小规模纳税人应分别了解并遵守相关税收政策，确保正确计算和申报税款。

个人承包工程时，需明确所得性质（经营所得或劳务报酬所得），以便准确计算和缴纳个人所得税。

企业承包工程时，应充分利用税收优惠政策，合理规划税务事宜，降低税负。

建议在实际操作中咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规性和准确性。