面对工程缺发票的问题，以下是一些有效的解决方案：

寻找替代证明

合同和协议：如果与供应商或承包商签订了合同或协议，合同中的条款可以作为成本支出的证明。

付款凭证：如果有付款凭证，如银行转账记录、支票等，可以作为成本支出的证明。

购买订单：购买原材料或服务时产生的购买订单也可以作为成本支出的证明。

验收单：如果材料或服务经过验收，验收单可以作为成本支出的证明。

建立内部审查流程

要求项目负责人、采购部门等提供相应的支出证明，以便在发生财务审计时能够提供充分的支持。

与供应商和承包商合作

与供应商和承包商建立良好的合作关系，协商要求他们提供正式的发票和凭证。

遵循税务规定

在处理没有成本发票的情况时，企业需要遵循税务规定，确保合规申报。可以咨询专业税务顾问，了解如何按照税法规定处理这些情况。

使用灵活用工平台

通过灵活用工平台，如品为企服，核验业务真实性后，平台可以帮忙开具正规的发票。

注册个体户享受核定

在税收园区注册个体户，通过个体户来承接业务，享受核定征收政策，从而减轻税负压力。

自然人委托代开

通过税收优惠园区的自然人代开发票，将个人看作个体户进行核定，综合税负率较低。

加强内部管理

建立健全的财务管理制度，确保每一笔成本支出都能得到及时、准确的记录。

加强对采购、施工等环节的成本控制，确保成本票据的完整性和真实性。

选择合适的税务筹划方案

根据企业实际情况，选择合适的税务筹划方案，如注册有限公司、个体工商户或自然人代开等，以减轻税负压力。

通过以上方法，企业可以有效地解决工程缺发票的问题，确保财务合规并降低税负。建议根据企业具体情况和实际需求，选择最合适的解决方案。