工程分包的税务处理涉及以下几个关键点：

税率和征收率

一般纳税人提供建筑服务的税率是11%。

一般纳税人提供建筑服务适用简易计税方法的征收率为3%。

小规模纳税人提供建筑服务的征收率为3%。

总分包之间的税务责任

总承包方需要根据合同总金额减去支付给分包方的价款后的余额计算并缴纳营业税。

分包方对其完成的分包金额承担相应的纳税义务。

总承包方是法定的扣缴义务人，需要扣缴分包方应缴纳的营业税。

完税证明和开票

如果分包方需要开具发票，总包方应在其原来开具的总税务局开具《完税证明单》。

分包方在取得总包提供的完税证明单后，可以到分包工程所在地的税务机关开具建筑安装发票，不需再交税，但需进行已交税款的申报。

税务申报和核算

纳税人应将建筑工程分包给其他单位，取得的全部价款和价外费用扣除支付给其他单位的分包款后的余额为营业额。

总承包方应根据与分包商结算的工程价款计提营业税。

对于未设立会计账簿或不能准确、完整地进行会计核算的单位和个人，税务机关可核定其应纳税所得额或应纳税额。

发票开具和税务登记

分包方在取得总包的完税证明单后，应到分包工程所在地的税务机关开具建筑安装发票。

总承包方和分包方均需按照相关税法规定进行税务登记和纳税申报。

建议

总分包合同明确：在签订总分包合同时，应明确税务责任和开票流程，确保双方对税务处理有清晰的认识。

税务筹划：总承包方可以通过合理的税务筹划，选择合适的计税方法，降低整体税负。

税务合规：双方均应遵守相关税法规定，确保税务处理的合规性，避免因税务问题影响项目进度和信誉。

通过以上步骤和建议，可以有效处理工程分包中的税务问题，确保项目的顺利进行和税务合规。