串标工程的利润处理方式如下：
违法所得的没收
根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条的规定，投标人相互串通投标或者与招标人串通投标的，其中标无效，中标工程获得的利润属于违法所得，应当没收。
罚款
除了没收违法所得外，还可以处以罚款。具体罚款金额根据违法行为的严重程度而定，可能包括中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，以及对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。
刑事责任
如果串标行为情节严重，可能构成刑事犯罪，依据《中华人民共和国刑法》第二百二十三条，投标人相互串通投标报价，损害招标人或者其他投标人利益，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。投标人与招标人串通投标，损害国家、集体、公民的合法利益的，依照前款的规定处罚。
民事赔偿
如果串标行为给他人造成损失，投标人还应当依法承担赔偿责任。
行政处罚
除了上述法律处罚外，还可能面临行政处罚，如取消一定期限内参加依法必须进行招标的项目的投标资格，并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照。
总结：
串标工程的利润一旦被认定为违法所得，将会面临没收、罚款、刑事责任、民事赔偿以及行政处罚等多重法律后果。具体处理方式将依据案件的具体情况和违法行为的严重程度而定。建议相关当事人积极配合调查，收集证据，以减轻或避免法律责任。
