工程税抵扣税的计算方法如下：

销项税的计算

销项税 = 工程结算金额 × 13%。

进项税的计算

进项税 = 各类成本 × 对应的税率。

具体税率根据成本类型不同而有所变化，例如：

分包工程支出：小规模纳税人税率为3%（至2027年12月31日前），一般纳税人专业分包和劳务分包（清包工除外）税率为9%，清包工（分包方采取简易计税）税率为3%，清包工（分包方采取一般计税）税率为9%。

设备租赁和原材料购进：税率为16%。

工程物资：一般材料物资适用税率为13%，但具体情况可能有所不同，例如木材及竹木制品适用税率为9%或13%。

抵扣税额的计算

抵扣税额 = 进项税 - 销项税。

只有进项税额大于销项税额时，才能进行抵扣，并且抵扣的进项税额不得超过不动产原值的50%。

示例计算

假设一个工程总造价为100万元，具体抵扣计算如下：

销项税

销项税 = 100万元 × 13% = 13万元。

进项税

分包工程支出：假设分包工程支出为30万元，且分包商为一般纳税人，进项税率为9%，则进项税 = 30万元 × 9% = 2.7万元。

设备租赁和原材料购进：假设设备租赁和原材料购进总额为40万元，税率为16%，则进项税 = 40万元 × 16% = 6.4万元。

总进项税 = 2.7万元 + 6.4万元 = 9.1万元。

抵扣税额

抵扣税额 = 总进项税 - 销项税 = 9.1万元 - 13万元 = -3.9万元。

由于抵扣税额为负数，说明该工程在该期间内没有足够的进项税额来抵扣销项税额，因此实际应缴纳的增值税为13万元。

建议

准确计算各类成本和进项税额，确保取得合法的增值税专用发票。

注意进项税额的抵扣限额，避免超过不动产原值的50%。

了解不同税率的适用情况，合理规划税务筹划。