拖欠工程款的赔偿方式主要有以下几种：

协商方式

承包单位应主动与建设单位沟通，了解拖欠原因，制定相应的对策。

可以由主管领导、承包当事人及财务、计划人员组成谈判小组，与建设单位在平等自愿的基础上协商，确定还款方案或签订还款合同。

调解方式

除协商外，承包单位还可以请求有关部门，尤其是政府主管部门进行调解。

对于因施工中产生的纠纷而造成的工程款拖欠，可以请政府主管部门、承担担保单位及劳动仲裁机构等进行调解或仲裁。

法律方式

仲裁：可以就工程款拖欠具体事项到仲裁机关，请求仲裁。

诉讼：向法院提起民事诉讼，要求返还工程款。一旦法院判决生效，且对方仍不履行相应义务，可以申请强制执行。

经济方式

对于一些拖欠较久、清欠较难的款项，可以采取相应的经济方式清欠工程款，例如通过第三方介入进行调解或采取其他经济手段迫使欠款方支付。

其他辅助手段

承包人可以通过电话和函件催收，亲自到对方公司上门催收，或委托律师代为催收。

在起诉时，可以申请财产保全，查封对方名下的财产或账户，以确保案件判决的顺利执行。

建议

优先选择协商和调解：在实际操作中，协商和调解往往能够更快速地解决问题，减少时间和成本。

收集充分证据：无论采取何种方式，都应收集充分的证据，如施工合同、竣工结算文件、工程进度记录等，以便在诉讼或仲裁中能够有效证明自己的权益。

及时采取法律行动：如果协商和调解无果，应及时向法院提起诉讼或申请仲裁，避免错过诉讼时效。

通过以上方式，承包单位可以有效地追讨拖欠的工程款，并维护自身的合法权益。