如果工程发票丢失了，可以按照以下步骤进行补办：
报告税务机关
纳税人应立即向主管税务机关报告发票丢失情况，并填写《发票挂失/损毁报告表》。如果发票数量较大或无法全部反映，还需提供《挂失/损毁发票清单》。
提供必要资料
提供公安部门受理报案的有关材料。
刊登遗失声明的版面原件和复印件。
备案处理
税务机关在接收资料后，会核对资料是否齐全、符合法定形式及填写内容是否完整。如果符合要求，税务机关将受理并即时办结，登记备案。如果不符合要求，税务机关会当场告知纳税人应补正资料或不予受理的原因。
复印存根联并盖章
开具发票的单位和个人应复印存根联，并加盖公章，交给客户入账。
设置发票登记本
财务人员应设置发票登记本，登记购入发票的数量、号码，开出的发票号码、日期、客户、金额、领取人等信息。
客户回签
将发票交给客户，并要求客户回签。
保存发票存根联和登记簿
已经开具的发票存根联和发票登记簿应保存5年，保存期满后，报经税务机关查验后销毁。
补办发票
如果丢失的是增值税专用发票，可以向税务局报告，税务局会根据具体情况做出行政处罚意见，然后根据专票丢失联次进行相应的处理。如果丢失的是普通发票，应当取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的内容，由相关人员批准后，代作原始凭证。
通过以上步骤，可以完成工程发票的补办过程。建议尽快办理，以免影响正常的财务运作和税务申报。
