如果工程发票开多了，可以采取以下几种方法处理：

作废和重开

根据实际情况办理原发票的作废和重开。具体操作流程是将原发票作废，再重新开具新发票，不可直接更改原发票。

全额冲销

如果企业之前因开票有误导致多开的情况，建议全额冲销。如果之前开具有误的发票对方已入账，再开红字时，开具出来的红字发票需要给购货方一份，如果对方没有入账，将原发票全部退回，企业红字发票开具不需要给对方。

红冲发票

红冲发票有两个主要过程：首先，发票原发票方根据相关立法，在不损坏发票的基础上，将发票原件的内容用红色记号进行划涂；然后，开具冲红发票，原发票方将原来发票的内容进行冲正，并列示为“冲红”，同时开具新的发票。红冲发票时，需要收发票一方签字确认，以防止恶意行为发生。

向税务机关申报调整

如果超额发票金额较大，需要向当地税务部门申报调整。企业需要在开具超额发票后及时向当地税务部门申报，提供相应的申报材料和说明情况的说明，以避免税务部门对企业的处罚。

纠正账目

企业应当及时将超额发票纠正到财务账目中，以避免财务报表的错误和影响税务申报等工作。

建议

及时申报：一旦发现发票开多了，应尽快向税务机关申报，以减少可能的罚款和处罚。

与对方沟通：如果对方已经将多开的发票入账，应与其协商，看是否可以退回原发票或开具红字发票进行冲销。

保留证据：在处理过程中，应保留所有相关的发票、账目记录和通信记录，以备后续可能的审计或核查。

通过以上方法，企业可以妥善处理工程发票开多的情况，确保财务合规并避免不必要的税务风险。