工程预缴税额的计算方法主要取决于所采用的计税方法，具体分为一般计税方法和简易计税方法。

一般计税方法

应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1+9%） × 2%。

简易计税方法

应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1+3%） × 3%。

纳税人跨县（市、区）提供建筑服务

一般纳税人

1. 适用一般计税方法：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1+9%） × 2%。

2. 选择适用简易计税方法：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1+3%） × 3%。

小规模纳税人

1. 自2023年1月1日至2027年12月31日，应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1+1%） × 1%。

固定资产投资项目

1. 预缴税额的计算：预缴税额 = 批准的固定资产年度计划投资额 × 适用税率。

2. 结算税额的计算：结算税额 = 年度实际完成的投资额 × 适用税率 - 已预缴税额。

3. 清算税额的计算：清算税额 = 全部项目实际完成的投资额 × 适用税率 - 预缴税额。

其他注意事项

预缴税款通常按月或按季度进行计算，具体时间根据当地税务机关的规定而定。

纳税人取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为负数时，可结转至下次预缴税款时继续扣除。

预缴税额的计算应严格按照相关税法规定执行，确保计算的准确性和合法性。

建议在实际操作中，根据具体的业务类型、计税方法以及当地税务机关的具体要求，正确计算应预缴的税额，并在规定的时间内完成税款的预缴工作。