疫情工程破产的办理流程如下：

向法院申请破产

由公司自身或债权人向有管辖权的法院提交破产申请书和相关证据，申请法院受理破产案件。法院会对申请进行审查，决定是否受理。

成立破产管理人

法院受理破产申请后，会指定破产管理人，负责管理破产公司的财产、处理债务等事务。破产管理人通常由律师、会计师等专业人员组成。

通知债权人

破产管理人会通知已知的债权人，并在指定的报纸或网站上发布公告，告知债权人申报债权的期限和方式。债权人应在规定的期限内申报债权，提供债权的相关证明材料。

编制破产财产清单

破产管理人对公司财产进行清查、评估，编制破产财产清单，包括土地、建筑物、机械设备、原材料等。

清偿债务

根据破产法的规定，破产财产优先用于支付破产费用和共益债务，然后按照法定顺序清偿其他债务，如职工工资、社会保险费用、税款等。清偿顺序完毕后，剩余的财产按照比例分配给债权人。

办理注销登记

破产程序终结后，破产管理人向工商行政管理部门办理注销登记，终止公司的法人资格。

线上办理

为最大限度维护债权人合法权益，及时推进案件进程，破产案件可以通过信息化办公方式开展日常工作。例如，破产合议庭可以利用石墨文档、钉钉等线上协同工具进行线上审查重整计划草案，债权人可以通过电子邮件、微信、邮寄等方式申报债权，债权人会议可以采取非现场方式召开。

疫情期间的特殊措施

疫情防控期间，破产程序的某些环节可以采取非现场方式进行，如线上审查、线上申报债权、非现场召开债权人会议等。此外，如果破产财产变现价值受疫情影响较大，管理人可以暂停处置有关财产，待疫情稳定后再予处置和分配。

以上是疫情工程破产办理的一般流程，具体情况可能因地区和案件细节而有所不同。建议在实际操作中咨询专业律师或破产管理机构以获取更详细的指导和帮助。