工程结算扣款可以通过以下步骤进行账务处理：
核实和登记结算信息
确认和核实所有的收付款信息，仔细核实材料数量和单价，审核支出资金流向，登记成本核算。
审核结算支取资金
根据审核信息，审核项目部的结算支取资金情况，对相关支出情况进行核对，确认后批准支取。
记出结算支出
核实审核无误后，在账簿中实际记录结算支出，并以账户记录凭证形式做出相关记账。记出的方式可以是一次性的特殊支出，也可以是分期支出；记出的账户可以是实物成本账户、工程费用账户、公共费用账户等。
会计分录
发生工程直接费用：
借：工程施工
贷：银行存款等科目
发生与工程间接相关的费用：
借：机械费用
贷：银行存款、累计折旧等
期末将机械费用转入工程施工：
借：工程施工
贷：机械费用
开具发票时确认合同收入、合同费用：
借：主营业务成本
贷：主营业务收入
借：工程施工-毛利
贷：工程结算
结算时：
借：应收账款或银行存款等
贷：工程结算
完工时冲平：
借：工程结算
贷：工程施工-合同毛利
工程施工-合同成本
税务申报
根据相关税法规定，将产生的费用进行申报，缴纳相应的税款。
通过以上步骤，可以确保工程结算扣款的账务处理准确无误，并且符合相关法规和会计准则的要求。
