工程超出的部分可以按照以下方式计算：
合同约定优先
如果施工合同中有明确的约定，则按照合同中的条款执行。合同中没有明确约定的情况下，可以参照一般工程量清单规范进行调整。
工程量清单规范
若合同没有具体约定，可以根据《建设工程工程量清单计价规范》进行调整。通常情况下，实际施工工程量超出原投标工程量的10%以上（含10%）可以进行调整，超出部分的单价可以调整，在10%范围以内的按照原综合单价执行。
签证文件
对于工程量超出合同部分，当事人可以通过协商处理，并签订签证等书面文件进行确认。这些文件将作为结算的依据。
计价方法或标准
如果因设计变更导致工程量或质量标准发生变化，且当事人不能就工程价款达成一致，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准进行结算。
协商分担
在某些情况下，可以与建设单位协商，共同分担超出设计数量的工程费用。具体分担比例需要根据双方协商确定，并确保公平合理。
违约责任
如果超出的工程量是由于承包人原因造成的，承包人可能需要承担一定的违约责任。此外，如果建设单位同意按照实际用量计算费用，可能需要与建设单位进行充分协商，并可能承担一定的违约责任。
建议在实际工程中，及时办理现场签证和相关手续，确保所有工程量都有据可查，从而避免在结算过程中出现不必要的纠纷。
