工程款纠纷申请仲裁的步骤如下：
提交仲裁申请书
当事人应当在争议发生后一年内递交仲裁申诉书。仲裁申请书应包括具体的仲裁请求、事实和理由，以及相关证据材料。
仲裁委员会受理
仲裁委员会在收到仲裁申请书后，将在5日内决定是否立案。如果符合受理条件，仲裁委员会将受理申请，并通知当事人；如果不符合受理条件，将书面通知当事人不予受理，并说明理由。
送达仲裁规则和仲裁员名册
立案后，仲裁委员会将送达仲裁规则和仲裁员名册给申请人，并将仲裁申请书副本和仲裁规则、仲裁员名册送达被申请人。
组成仲裁庭
当事人应在规定的期限内约定仲裁庭的组成方式和选定仲裁员。如果当事人未能在规定期限内约定仲裁庭的组成方式或者选定仲裁员，由仲裁委员会主任指定。
开庭审理
仲裁委员会将通知双方当事人开庭日期。在开庭日，仲裁庭将调查争议事实，双方当事人可以进行答辩、举证质证和辩论陈述。如果需要，仲裁庭还可以进行调解。
作出仲裁裁决
仲裁庭在闭庭后进行调查评议，并最终作出仲裁裁决。仲裁裁决具有终局性，当事人应予以履行。如果对仲裁裁决不服，当事人可以向人民法院提起诉讼。
执行裁决
如果一方当事人不履行仲裁裁决，另一方当事人可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。
建议：
在申请仲裁前，当事人应先确认是否有仲裁协议或仲裁条款，并确保所有必要的证据材料齐全。
选择有经验的律师协助准备和提交仲裁申请书，以提高仲裁的成功率。
