工程个人所得税的计算方式如下：

经营所得计算

工程个人所得税的计算方式是以个人每一纳税年度的经营收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为个人应纳税的所得额。

工程个人经营所得是按年计算个人所得税的。

劳务报酬所得与经营所得

实践中，有的自然人工程承包人按照“劳务报酬所得”缴税，有的则按照“经营所得”缴税，两者税负差异显著。

如果经营成果归承包人个人所有的，或按照承包合同（协议）规定，将一部分经营成果留归承包人个人的，应按“经营所得”项目征税。

对于未领取营业执照承揽建筑安装业工程作业的建筑安装队和个人，其从事建筑安装业取得的收入，也应依照“经营所得”项目计征个人所得税。

税率与预缴

纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。

个体工商户的个人所得税是按照查账的方式征收，即5%—35%的五级累进制计算。如果年应纳税额在200万以下，个税也可以享受减半征收政策。

其他注意事项

如果工程承包人未领取营业执照，带领农民工从事建筑劳务活动取得的收入，也应按照“经营所得”，适用5%—35%的超额累进税率缴纳个人所得税。

个体工商户收取工程款时，需要缴纳的税种包括增值税、个人经营所得税以及附加税，其中个人所得税按照查账方式征收，即5%—35%的五级累进制计算。

综上所述，工程个人所得税的计算主要依据《中华人民共和国个人所得税法》及其相关法规，具体计算方式根据工程承包人的收入性质（经营所得或劳务报酬所得）以及是否领取营业执照等因素确定。建议工程承包人根据自身情况选择合适的税率和缴税方式，并在规定的时间内完成税款的预缴和汇算清缴。