工程审计是指审计机构依据国家的法律法规、财务制度及企业管理标准，对工程项目进行科学审核，评估其是否合法、合理和有效。工程审计的主要目的是发现问题、纠正缺陷、防止舞弊、改善管理，以确保工程目标的顺利实现。审计机构与项目组织保持独立，审计人员与项目方没有直接的行政或经济关系。

工程审计包括以下主要内容：

工程造价审计

对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的结算审核过程基本相同。这是由造价工程师完成。

竣工财务决算审计

将造价工程师审定的和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，以确定一个建设项目总的造价及工程管理过程是否合规合法。这是由注册会计师完成。

审计流程

填写审计资料交接清单并进行登记，进行审前调查。

制定审计方案，草拟审计通知书并签发。

对审计程序、质量、进度进行跟踪检查，核对工程项目。

登记工程核定单，留档留存。

复核工程审计工作底稿，编写工程结算审核情况报告。

编写财务审计工作底稿，审计结案。

审计方法

看图法：通过仔细查看施工图纸，核实工程量与工程价款，审定工程造价。

观察法：亲临现场，实地观察，了解建设项目的实际情况。

询问法：通过询问相关管理人员和当事人，证实基建工程量与工程价款的真实性、合理性。

调查法：深入实际进行调查研究，查证基建工程量与工程价款的真实性、合理性。

开挖法：对有疑点的隐蔽工程进行挖开核实工程量与工程价款。

分析法：运用系统方法，对基建工程项目的具体内容进行分离和分类，发现疑点，揭露问题。

测量法：实地测量有关工程量，确定核实基建工程决算工程量与造价的真实性、合理性。

核对法：用记录或资料相互验证，复核基建工程决算工程量与造价的真实性、合理性。

审计阶段

前期审计：对投资项目前期的工作进行审计。

概、预算审计：对投资项目的概预算情况进行审计。

资金来源和资金使用审计：对投资项目的资金来源和资金使用情况进行审计。

完成审计：对投资项目的完成情况进行审计。

竣工决算审计：对投资项目的竣工决算情况进行审计。

效益审计：对投资项目的效益情况进行审计。

通过上述流程和方法，审计机构能够全面、系统地对工程项目进行审计，确保工程项目的合法性、合规性和效益性。