工程预收款的报税流程如下：

跨区域涉税事项报告

合同签订后，若工程项目所在地与企业机构所在地在同一个地级行政区内，则无需预缴增值税。

若不在同一个地级行政区，需要办理跨区域涉税事项报告。新电局可以实现自动报验，老电局需要在首次办理预缴申报前人工报验。

预缴税款

收取工程进度款后，次月申报期内，企业应以特定纳税主体身份登录项目地电子税务局，通过增值税及附加税预交申报功能，填报《预缴税款表》，预缴税款并获取完税凭证。

如果当月取得的分包款大于收取的工程进度款，仍需要执行以上步骤，只申报不预缴税款，未扣除完的分包款通过《增值税预缴表》可以向以后月度结转。

电子税务局填报

在电子税务局填写跨区域涉税事项报告，审核通过后以税号+年号+文号选择CA登录电子税务局，完成跨区涉税事项报验登记和建筑业项目报告。

每次收到预收款后，填写增值税预缴申报表和缴纳税款（注意选择是否适用一般计税方法），项目完成后填写跨区域涉税事项信息反馈表，反馈表示经营活动终止，完成后自动缴销该报告。

预缴增值税的计算

预收工程款虽然不发生增值税纳税义务，但要先预缴增值税。根据国家税务总局公告2016年第17号文第四条规定，纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款。

纳税人提供建筑服务取得预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按照规定的预征率预缴增值税。

税务申报

预缴增值税在纳税申报上，在工程尚未动工之前预收的工程款取得的预收款收入均应按规定预缴税款，相应应当填报《增值税预缴税款表》，但不填列《增值税纳税申报表》及其附列资料。

企业所得税申报表中有关建筑行业预收账款的填写要求包括：在“销售收入（客户收入）”栏下填写预收账款，在“货币资金及现金等”栏下填写预收款金额减去，以反映客户收入没有实际付现，在“其他可列支付支出”栏下填写预收账款的发生金额。

其他注意事项

需要填写《增值税预缴税款》表，前往柜台申报（目前所了解的大部分地区尚未实现该预交款网上申报），应交增值税就是含税的预收款除以1.09再乘以3%。另外还要同时预缴土地增值税，按照不含税的预收款乘以当地税局要求的征收率，这个可以网上申报。

税务申报可以通过电子税务局或者到税务局进行，提交税务报表后，税务局会对你的申报进行审核。

以上是工程预收款报税的主要步骤和注意事项，具体操作可能因地区和政策有所不同，建议咨询当地税务局或专业机构获取详细指导。