挂靠公司工程款的收回方式如下：

协商解决

首先尝试与被挂靠公司及发包方进行协商，明确欠款金额、还款期限等，并达成书面协议以确保双方权益。这种方式最为温和，成本最低，但可能效果不佳，特别是当对方无意履行还款义务时。

发送催款函

若协商无果，可向被挂靠公司及发包方发送催款函，明确欠款事实及要求还款的期限，并保留好相关证据。催款函是一种正式的法律文件，能够作为日后诉讼的证据之一。

委托律师处理

如情况复杂或自身无法处理，可委托专业律师代为追讨工程款。律师将依据法律法规采取合适的法律手段进行维权，包括但不限于提起诉讼、申请财产保全等。

提起诉讼

若上述方式均无法解决问题，可向法院提起诉讼，要求被挂靠公司及发包方支付欠款及承担违约责任。在诉讼过程中，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三条，人民法院将受理此类因财产关系提起的民事诉讼。

申请执行

胜诉之后，如果对方拒绝履行判决，胜诉方可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。通过这种方式，法院可以采取强制执行措施，确保判决得到执行。

举报违法行为

如果工程款被挂靠公司非法挪用，可以向公安机关经侦部门报案，提供书面报案材料并如实陈述案发经过。

建议

收集证据：在采取任何行动之前，务必收集所有相关的证据，包括合同、协议、催款函、邮件、通话记录等，以证明欠款事实和对方违约行为。

咨询专业律师：由于工程款追讨涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师，获取详细的法律意见和指导。

考虑诉讼保全：在提起诉讼前，可以考虑申请财产保全，以防止对方转移资产，确保最终能够顺利执行判决。

通过以上步骤，可以有效地追回挂靠公司的工程款。