工程机械租赁开票的步骤如下：

准备开票所需资料

准备机械租赁方的基本资料（如企业名称、纳税人识别号等）。

准备机械设备的基本信息（如品牌、型号、数量、单价等）。

确定租赁金额。

选择发票类型

根据租赁机械的类型选择相应的发票类型，如普通发票、增值税专用发票等。

填写发票信息

填写发票抬头（即租赁方名称）。

填写发票内容，包括租赁机械的品牌、型号、数量、单价、租赁期限及租赁金额等。

核对发票信息，确保准确无误。

开具发票

将发票信息填入发票系统，开具发票，并签字盖章确认。

如果是增值税专用发票，还需填写购买方的信息，包括纳税人识别号、地址电话、银行账号等。

客户签收发票

将发票交付给客户，客户签收发票，并确认无误。

税务申报

租赁方收到租赁公司开具的发票后，应当妥善保管，并及时向税务机关申报。

租赁方开具的机械租赁开票凭证，可作为就机械租赁业务的证明，在税务机关办理税收稽查和发票管理的事宜时，使用机械租赁开票凭证作为有效的凭据。

税率计算

机械租赁开票的税率一般按照国家税务管理条例的规定，具体税率可以在各个地区的税务机关网站上查询，或者在会计事务所或专业税务报道机构获取税率表。

租赁公司可以根据自己的需求和租赁金额，对机械租赁开票的税率计算进行灵活操作。

注意事项

如果出租方属于小规模纳税人，适用征收率为3%或1%。

如果出租方是一般纳税人，适用税率为9%，但假如不配备操作员的情况下，则属于动产的经营租赁业务，一般纳税人适用税率就是13%。

根据财税（2016）140号第十六条，纳税人将建筑施工设备出租给他人使用并配备操作人员的，按照“建筑服务”缴纳增值税。

通过以上步骤，工程机械租赁公司可以合法合规地开具发票，确保交易的透明度和合法性。