在建筑工程项目中，总包与分包之间的开票流程需遵循相关税法规定。以下是具体的开票步骤和注意事项：

总包方开票给建设方

总包方（A公司）在工程完成后，应向建设方开具工程全款发票。

在计税时，A公司可以扣除支付给分包方（B公司）的分包款后的余额为营业额。具体来说，A公司可以扣除B公司已完成部分的工程款，通常按工程款的20%进行计税。这一扣除的依据是B公司向A公司开具的80%工程款的发票。

分包方开票给总包方

分包方（B公司）在收到A公司支付的工程款后，应向A公司开具相应金额的发票，并按照发票金额进行计税。

B公司无需再由A公司代扣代缴税款，而是应自行在施工地办理完税手续。

B公司在计算营业额时，应以其实际完成的工程价款为准，不得将A公司已扣除的分包款计入营业额中。

B公司还需注意保留好相关凭证和资料，以备税务机关核查。

发票类型和抵扣

如果分包人是个人，只能到当地税务部门开具增值税专用发票，总包只能抵扣3%。

如果分包人是小规模纳税人，则只能开具建筑业增值普通发票，总包不可以抵扣进项税。

如果分包人是一般纳税人，则可以开具建筑业增值专用发票，总包可以抵扣进项税。

如果分包人是被挂靠的一般纳税人，则总包应向被挂靠方支付工程结算款并向挂靠方索取建筑业增值专用发票。

违约金和罚款的发票开具

当分包收取总包人的违约金时，必须向总包人开具增值税专用发票，总包人可以抵扣进项税金。

总包收取分包人的违约金时，向分包人开具零税率的增值税普通发票。

总包从支付给分包人的工程结算款中扣下分包人应承担的罚款时，向分包人开具零税率的增值税普通发票。

税务登记和完税

分包人向总承包人收取分包工程款时，要到当地税务机关开具发票并完税。

总承包人向兴建单位收取全额工程款时，凭分包人开出的发票作为分包工程已完税的依据进行抵减，余额征税。

合同和资料准备

分包单位在开具发票前，需要准备好分包的工程合同、发票、分包价款等资料，并进行合同确认。

总包方在收到发票后，需要认真核对发票内容，如无误即可报销。

总结：

建筑工程总包和分包的开票流程涉及总包方和分包方之间的发票开具、税额计算和抵扣、以及税务登记和完税等多个环节。各方需遵循相关税法规定，确保发票内容和金额的准确性，以便顺利进行税务申报和抵扣。