工程分公司缴税的方式如下：
税务登记
分公司在领取营业执照之日起三十日内，需要携带税务登记证（正本副本）、营业执照、基本行开户许可证、基本行开户行信息等证件，向税务机关申报办理税务登记。
纳税申报
分公司应向所在地的主管税务机关申报纳税。
分公司若办理了税务登记，则为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。若经国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准，未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。
税款缴纳
分公司应了解所在地税法规定的税种和税率，确保在申报过程中遵守相关法律法规。
分公司的流转税（如增值税）必须在当地的税务机关核算缴纳，现在基本上所有的城市国税地税申报都是网上申报。
汇总纳税
对于同一征收区域内的总机构和分支机构，可以选择汇总纳税，也可以选择分别纳税。若总机构和分支机构不在同一县（市），则应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。
预缴税款
分包工程的情况下，总承包方需要按合同总金额减去支付给分包方的价款后的余额计算并缴纳营业税（或增值税），同时作为法定扣缴义务人，在结算已完工工程价款时应计提并缴纳相应的税款。
其他税种
分公司还需要缴纳企业所得税、个人所得税等，具体缴税方式和税率需根据当地税法规定执行。
建议：
分公司应确保及时完成税务登记，并按时申报纳税，避免因未按时缴税而产生罚款或其他法律后果。
分公司应详细了解并遵守当地的税收政策和法规，合理规划税务事宜，以降低税务风险。
